Ставьте на тот Linux, который вы лучше знаете. Принципиальных отличий между этими дистрибутивами нет. Debian немного стабильней, но в Ubuntu чуток больше удобств из коробки, хотя в Debian их можно легко доустанавливать и вручную. Планируете чистую Ubuntu использовать с GNOME 3 или Unity? Тогда я за Debian :)
Выберите Дебиан - хорошо. Выберите Убунту LTS - Тоже хорошо.
Если вы будете придерживаться консервативной политики - не ставить на сервер необкатанные временем "новшества" -, то все будет хорошо почти на любых дистрибутивах.
По массовости не-серверного использование - выбор за Убунту.
Цель сервера не гнаться за "модой", а надежно работать. www.sql.ru/forum/actualutils.aspx?action=gotomsg&t...