Моё мнение, что любой бэкап-мэйкер, умеющий работать с диском на низком уровне (сектора, дорожки), прекрасно забэкапит всё, что ему подсунут. И когда потребуется, вывалит забэкапленный образ обратно на диск. А что и в каком виде там лежит конкретно, его не касается.
Точно знаю, что опция посекторного копирования есть у Acronis TI, и наверняка он не единственный.