Вы уверены, что правильно пишете код, следуя рекомендациям Битрикса?
К примеру сделал в левом меню битрикса новую кнопку с какой то функциональностью, заказчик обновил портал и все модули - кнопка исчезла.
Звучит так, будто вы редактируете компонент/шаблон меню прямо в папке /bitrix/components/menu/. Если так, то ничего удивительного, что при обновлении все ваши изменения исчезли.
За несколько лет разработки на Битриксе ни разу не было ситуации, при которой мои кастомные компоненты/шаблоны/модули переставали работать после обновления Битрикса (может быть 1 или 2 раза были, но я этого не помню).