У Майкрософта есть собственные SyncToy и RoboCopy, популярная сторонняя - DSynchronize (можно запускать как сервис).
С их помощью точно получится тянуть с локальных компьютеров файлы, лежащие на шаре.
У робокопи через командную строку можно многое, например, исключать файлы:
/xf "~*.*" "*~.*" "desktop.ini" "Thumbs.db" ".Sync*"
Шифровать умеют, к примеру, CryptSync и Resilio Sync.