Работаю один. Использую Grindstone 3-й версии (текущая вроде 4-я, но почитал и пока не стал ставить). Запускаю позадачно, если по одной работе несколько задач разной цены - группирую потом вручную. Ручные метки ставятся элементарно. Маленькое окошко внизу может висеть над экраном - имеет кнопку запуска/стопа, показывает название текущей задачи. Умеет следить за неактивностью, возвращаешься - спрашивает засчитывать ли период неработы на компе в рабочее время. Все рабочие промежутки хранятся. Советую бэкапить базу данных автоматом - при серьезных сбоях можно потерять инфу.
Это то, что я пользую, мне хватает.