Т.е. у тебя всего 1000 жителей и ты используешь MySQL? Допустим структура житель выглядит так:
struct Citizen {
char name[64];
short hunger;
short health;
TYPE type;
};
И того 69 байт на 64 битной платформе, предположим, что там ещё куча полей и увеличим размер одного жителя до 128 байт(что даже избыточно), итого 128 кБайт, это крайне мало, можно хранить в ОЗУ, если нужно сохранять между запусками, то может redis подойдёт, ну или всё таки MySQL, но кешировать данные в памяти, т.к. если запрашивать каждый раз, оно будет крайне медленным.
А на счёт темы вопроса, гугли game loop. Проверять каждую секунду скорее всего не надо, но надо обновлять на разное значени в зависимости от того, сколько прошло времени.

В цикле вызываешь метод модуля, отвечающего за жителей, и тот уже обновляет нужных тебе жителей. Если прошла секунда, обновляешь на 1 * k, где k - коэффициент голода, если прошло 10 секунд, то 10 * k и т.д.