Главным образом - проблемная работа со стилями и символами, очень сильно замедляющая работу над большими проектами. Если стили текстов еще как-то работают, то замена цвета кнопочки, которая присутствует в десятке шаблонов в нескольких разрешениях - это нудный и долгий гемморой, превращающий правки в адъ.
Кроме веса, многостраничный файл в фотошопе очень сложно организовать так, чтобы было удобно с ним работать (ну хорошо, разные разрешения раскидаем по артбордам, состояния элементов по слоям, а страницы куда?).
Универсальных инструментов не бывает, для каждой задачи лучше использовать свой инструмент. Интерфейсы - Sketch/Figma/XD, прототипы - Axure (а иногда и просто бумажка в разы удобнее), вектор - Ai, многостраничная полиграфия - InDesign. Все это можно делать и в Ps, но долго, мучительно и больно (он даже в 3D может, но нужно ли?).
Стихия фотошопа - растровая графика, в ней он не сдаст позиции еще долго.