Если это группа магазинов под одной торговой маркой, продающие разные категории товаров (один косметику, другой бытовую технику, третий книги и т.д.), то все в одной БД, юзеры - в схеме public, каждый магазин - в отдельной scheme. По мере роста нагрузки, возможно, придется схемы выносить в отдельные БД/сервера.
Если это разные магазины для разных владельцев - конечно, все в отдельных БД и, возможно, даже на разных серверах.