1. Спроси алгоритм у заказчика. Бывает по разному считают.
2. И наценка и комиссия - это одно и то же математически.
3. Например, обычно наценка в 2 процента считается как "Сумма * (100 + 2) / 100".
4. Остаются еще вопросы - а когда округлять. С одного рубля. Или уже со всей суммы. В этом чаще всего разночтения бывают. См. пункт 1.
5. Поскольку точность заранее известна, целесообразно считать в целых (сдвинув запятую, то есть умножив)