У вас каша в голове, ни к какой БД MySQL они не находят путь, еще скажите логин и пароль от БД, это был бы взлом, а на скрипты и CSS есть ссылки в HTML, как их браузер находит так же и программы эти, называется "недоверенная среда".
И как прячут файлы js с асинхронными запросами?
Никак их не спрятать, и файлы можно достать и еще HTTP-запросы "отсниффать", которые будет делать JS внутри страницы, запущенной в headless-браузере.
Единственное, что дает настоящую защиту, это Flash который сразу привносит новый стек технологий, включая протокол TCP вместо HTTP, и еще WebSocket который не так просто отследить, как AJAX (HTTP).