Как вариант - 
obsidian. Это очень мощный редактор заметок. В подробностях описывать не буду - функций в нем реально очень много. Но из ключевого - активные ссылки на другие документы,  чек-листы, подсветка кода, шаблоны страниц. 
Вот для примера, cписок todo в моем pet-проекте 
Граф всех связей в проекте 
К тому-же есть тьма разных плагинов и тем на любую потребность.
Единственный минус - он работает оффлайн. Но если в остальном оно будет вас устраивать - можно положить документацию в git-репрозиторий с самим приложением (ну или в соседний, если не хотите давать доступ)