В полной безопасности приложение существует только на выключенном сервере. Вот тебе пример кода, от которого не спасёт ничто, и даже медицина тут бессильна (пробовали лечить т-щей и электричеством, и холодными компрессами, но тщетно):
eval( $_GET[ 'stupid' ] );
Смех-смехом, но подобных (или загруженных позднее) закладок вот этими руками выковыряно немало. Так что регулярно читайте CVE, публикуйте фиксы, репортите баги, и ни в коем случае не меняйте Wordpress на что-нить более толковое, а то оставите меня без половины зарплаты.