Перебрал их очень много.
Для фрилансера наиболее удобно
www.tahometer.com - ПО сохраняет скриншоты, дает статистику по кликам и т.д. Сохраняется в облаке. Очень удобно и дает гарантию честности учета. Есть бесплатный тариф. Из минусов - очень корявая навигация.
Есть еще crm система битрикс24, но там учет времени корявый. Он есть, но не дает заказчику гарантии, что он реальный. Если просто для галочки - подойдет.
Еще в phpStorm встроен учет времени, который интегрируется с их сервисом. Не пробовал, по причине дороговизны и весьма абстрактному описанию. Может быть удобным. Если кто пробовал - черкните.
Есть еще много сервисов. но они скорее нацелены на компании и не интересны фрилансеру. Или учитывают просто работу в той или иной программе, что не дает картины.