1. правильный подход. gitflow вам в помощь
2. обычно сервер посредник может это делать. Например codeship.io (100 деплоев в месяц бесплатно), можно установить свой сервер (VPS/VDS) и настроить Jenkins,TeamSity,PhpCI
3. есть phing который может автоматизировать рутинный операции (подготовка очистка каталогов,миграции,js-css min и т.д.)
4. через миграции, если нет таковых есть сторонние
https://phinx.org, также в комплекте orm еть инструмент миграций например у Propel2, на крайняк в том же phing есть миграции