Можно.
1) Подключаем по NFS хранилище KVM к хосту ESX
2) Копируем файлы VMDK на хранилище KVM
3) Делаем конвертацию qemu-img convert -f vmdk -O qcow2 my_disk.vmdk my_disk.qcow2
4) Создаем VM с дисками qcow2, тип контроллера для первого диска ставим IDE, остальных - VIRTIO
5) Стартуем VM, видится только первый диск, ставим virtio-драйверы.
6) Выключаем машину, меняем тип контроллера на VIRTIO, запускаемся, сносим vmware-tools, перезагружаемся
6.1) Можно сненсти vmware-tools до начала переноса, там же как-нибудь поставить virtio и т.п.
7) Все готово
Можно было бы попробовать еще live migration, но KVM не поддерживает ее на VMDK-дисках.