Зависит от того, что вы хотите сделать.
С libgdx вы получите более высокий уровень абстракции, подключите без проблем физический движок и т.д. В общем, с libgdx проще. Ещё проще с unity.
Все зависит от того, что вам нужно реализовать.
C LibGDX очень удобно тестировать приложения, код работает под Windows, Linux, MacOS-X. Но все зависит от конечной цели.... Можешь почитать про сравнение LibGDX и Unity тут.