Ту, которая вам удобна. В производство сдаётся gerber который является стандартом и используется собственно при производстве. Соответственно в любой нормальной EDA его можно получить на выходе.
Немного не подумал над смыслом вопроса. Если вы до этого вообще не использовали EDA, то могу порекомендовать CadSoft Eagle. EAGLE Light Edition, который бесплатен, работает с двумя слоями, и размера, которым ограничена плата в принципе хватает. Плюс неплохие библиотеки и вполне приличный функционал.
В домашних целях использую Proteus'овский ARES. Основная причина — легко разводить платы, которые симулировал. Библиотека корпусов — большая, можно и свои дорисовать, а вот автотрассировка там не самая оптимальная в плане обилия металлизированных отверстий (переходов между слоями) и толщина дорожек там постоянна. В ручную, естественно, можно рисовать что угодно.
Мне для дома диптрейса хватает. Экспорт работает. Ограничений бесплатной лицензии для некоммерческого использования достаточно. Автотрассировщиками не пользуюсь, для мелких схем руками все можно делать.
Некоторые фирмы, кстати, помимо герберов, принимают к производству сами файлы проектов большинства EDA. Это чтоб поначалу не заморачиваться и не ошибиться.
Да, принимают большинство, как минимум PCAD и OrCAD почти все. Но как показывает практика, проще отдавать готовый Gerber, т.к. бывает немало накладок, а свою работу проверить проще. С OrCAD несоответствие отверстий, например.
А при небольших партиях и довольно высокой цене подготовки к производству, получить такую ошибку на ровном месте бывает весьма обидно — лучше сделать свой гербер и несколько раз все проверить.
«Из коробки» или вообще? Второе зависит от распространённости, и на мой взгляд тут лидером будет OrCAD с большим отрывом.
Если рассматривать библиотеки поставляемые разработчиками, то практически всегда, там не оказывается совсем не то, что нужно, и обычно, они не сильно подходят для любительской разработки. =) Поэтому я бы не выбирал по этому принципу.