Я так понял, система - Windows?
Не скажу, что я большой спец в виндах, но все-таки, может, что-то будет полезным.
Так вот, если Windows - то можно вот что посмотреть.
1) сравните выдачу команды
route PRINT
в то время, когда система работает нормально, и в то, когда глючит;
может быть, по какой-то причине меняется таблица роутинга
2) сравните сетевые настройки таким же образом - до, и во время глюков (возможно, кто-то из компов или серверов инициирует какие-нибудь выборы в домене и при этом меняются настройки сети, или зачем-то комп сам новый IP себе перезапрашивает, если юзается DHCP; в виндах с их уровнем внутренней сложности и не такое бывает).
В общем, думаю, "танцевать" нужно от сети и ее настроек, сравнивая состояния "до" и "во время".
Возможно, что дело не только в уровне IP, а, может, на уровне ARP что-то ужЕ "ломается", на этом уровне тоже можно немного "пошевелиться" даже под Виндами.