Засохла смазка, износился механизм подшипника и так далее.
При первом запуске, кулер не может крутиться сбалансированно, вот и трещит. Прокрутившись и нагревшись, он таки разжижает немного смазку, разогревает немного подшипник, и при небольшом стуке может войти в ровное вращение.
Чем дальше - тем хуже будет механизму, тем дольше он будет гудеть и не всегда входить в нормальный режим вращения.
Если это дешевый кулер - меняйте
Если нет, попробуйте разобрать, протереть от пыли (каждая грязная лопасть будет смещать баланс при вращении), сменить смазку. Должно на какое-то время полегчать. Но лучше заменить.