GIT избыточен для этих целей, он больше подходит, когда файлы правят много людей. В случае конфигов админ обычно один и правит их только он. Для конфигов я предпочитаю старую
RCS. Она примитивнее и, как следствие, проще современных систем контроля версий, применяемых при разработке софта.