Сам формат ISO 9660 не способен вносить изменения в уже имеющуюся структуру данных, без дозаписи и пересоздания всего образа заново, если конечно изменения эти не смещают все данные. Могу порекомендовать готовить "образ" в папке, а затем утилитой, например, UltraISO, делать её ISO образом. Можно даже по расписанию, если есть желание максимально автоматизировать: она умеет командную строку.