Зависит от того каким логическим сигналом (нулем или единицей) на выводе GPIO микроконтроллера вы собираетесь управлять светодиодом. Т.е. включать (зажигать) нулем или единицей, гасить вы будете обратным состоянием соответственно.
Главное не перепутать полярность светодиода. Самый простой способ определить полярность это использовать тестер(мультиметр). Включить его на прозвон диода и подключить щупы к выводам светодиода. Он должен чуть загорется. Если не загорелся поменять щупы местами. Плюс и минус можно понять по цветам щупов. Теперь соответственно можно выбирать подключать "-" к земле (GND) и управлять логической единицей (5 В) с порта GPIO, либо подключить "+" к 5 В (Vcc) и управлять логическим нулем (GND) c того порта GPIO. Не забываем про резистор для ограничения тока чтобы не выгорел вывод GPIO. Величину сопротивления для 5 В можно посчитать зная максимально допустимый ток для вывода GPIO (это информация есть в даташите на микроконтроллер) по закону Ома.
Резистор нужен только для ограничения тока. Поэтому порядок его включения в цепь не важен.
Типовые схемы включения
здесь.
Средний
