Я бы рекомендовал просто не замечать предустановленные утилиты, а действительно поставить менеджер пакетов, им и пользоваться. Я использую уже упомянутый MacPorts, очень удобно.
MacPorts по умолчанию ставит в /opt/local/bin, поэтому вам придётся прописать этот путь в свой $PATH до остальных путей к библиотекам, установленных изначально. Об этом, впрочем, написано в инструкции к MacPorts.

Так а у вас есть хоть один коммит в репозитории? Такая ошибка может в этом случае появиться.