Точно так же как и любой другой переходник между двумя интерфейсами: с помощью специального контроллёра, который реализует оба протокола. Thunderbolt поддерживает протокол PCI-E x4 (как один из) — поэтому подключить его к шине PCI-E достаточно просто. Пример реализации такой платы с уже готовым контроллёром:
https://github.com/antmicro/thunderbolt-pcie-adapter
Делается это всё достаточно просто: открываются спецификации на требуемые интерфейсы, проектируется логика взаимодействия между интерфейсами, выбирается готовый контроллёр или подбирается подходящий процессор для реализации (или создаётся свой) и далее всё это реализуется в железе и ПО.