Да, для сервера безопасно хранить документы и даже вирусы.
Любой злонамеренный код, что бы заработать, должен быть запущен а документ открыт в просмотрщике, уязвимом к заложенной уязвимости.
p.s. что бы исключить запуск вируса по ошибке администратором сервера, файлы можно хранить на диске с 'техническими' именами (например числовой идентификатор из базы), так как подавляющее большинство приложений (файловые менеджеры, интерфейсы ОС и т.п.) ожидают нужное расширение (часть имени файла с конца с точкой, например ".exe" или в твоем случае ".docx") и/или атрибут файловой системы (linux "x" для скриптов и бинарных файлов)