Лезем в биос и проверяем, что настроено во вкладке boot, в частности выбран UEFI режим загрузки или CSM (еще его называют legacy или dos или mbr)
Если подключаемые диски мешают загрузке, значит системный диск у вас не первый (воткнут не в первый sata), точнее речь идет о порядке дисков, т.е. например ваш системный в 3 разъем (они на материнской плате пронумерованы, так же нумерация есть в инструкции к материнке) а новый диск вставляете во 2.
Операционная система должна быть установлена и эксплуатироваться в одном и том же режиме (если ставили legacy то и использовать в нем же), но с помощью загрузочного диска можно все починить, без переустановки системы.
Legacy режим загрузки должен позволить в биосе выбирать, с какого диска грузиться, но возможна ситуация что если порядок дисков изменился, то загрузчик тупо не на том диске видит систему, в общем нужно загружаться с установочного диска и чинить
UEFI режим вообще требует что бы установочный диск прописал местонахождение системы в биосе (причем есть материнки которые разрешают это делать только windows) и при любой смене конфигуации повторять процедуру.
Как при загрузки с флешки перенести восстановить windows boot manager windows 10 на НОВОМ диске? 
