Можно виртуализацией, самый простой способ. Внутрь виртуалки пробрасывается диск как образ (в qemu или virtualbox он так и прописывается, как файл). Диск аппаратно для программы будет другим, а содержимое то же самое что на оригинальном... так же можно пробрасывать конкретный раздел, тогда можно подменять в т.ч. и бут сектор