Самый основной документ, это прежде всего Договор на разработку программного обеспечения. Есть ещё Договор на модернизацию, если речь идет о внесении правок в какое-то уже существующее решение (т.е. к которому уже был Договор на разработку, и сейчас он закрыт). Вместо "программного обеспечения" можно написать "веб-сайта", если речь идет о сайтах.
Ну а если существующий проект - это проект с действующим Договором на разработку, и вы хотите разработать ранее неучтенные фичи, то вам нужно подписать Дополнительное соглашение №__ к Договору №__. Ну то есть "допник" по-простому говоря. В допнике вы перечислите те функции, которые собираетесь внедрить, но которые не обсуждались при подписании основного Договора. Допник снабдите указанием что это "Приложение №__ к Договору". Пропишите ТЗ на эти фичи.
В конце работ подписываете с заказчиком акт сдачи-приемки работ, который будет закрывать выставленный вами счёт на оплату услуг.