Сами же пишите про две политики: одна на рядовые ПК, вторая - на сервера RDS. Двигайтесь в этом направлении
Куда привязаны политики (на каком уровне)?
Настройки в политиках в каком разделе - Computer или User?
OU, к которым применяются ваши политики, какие объекты содержат - только пользователей, только компьютеры или все вместе? GPO Loopback Processing включен (тут зависит от...)?
Вместо WMI-фильтров и Security Filtering лучше применять механизм Group Policy Preferences (GPP) и указывать группу, которая используется в RDS-коллекции