В общем есть два случая, когда windirstat не должен быть способен посчитать место:
* недостаточно прав (решается запуском под администратором с повышением привилегий)
* shadow copy, режим теневых копий, смотреть в консоли с помощью утилиты
vssadmin list shadowstorage
vssadmin list shadows
* еще есть момент, случайно так не получится, у ntfs файлов могут быть расширенные атрибуты, они могут занимать место но для получения их списка нужны специализированные утилиты, первое что
нагуглилось, не проверял. На сколько я знаю если знаешь имя то можно открыть файл file_name:extended_attribute_name я так слышал вирусы себя прятали (можно сохранить так exe файл и запустить его) на практике этим мало кто пользуется официально и большого объема там не хранится