Самый простой способ, с использованием, к примеру, php,
создаёте файл header.php для хедера, footer.php для футера.
Во всех html файлах пишете
<?php include_once 'header.php'; ?>
в месте, где у вас выводится шапка,
<?php include_once 'footer.php'; ?>
в месте, где выводится подвал.
Далее вносите изменения в одном месте header.php и footer.php