Смотрите на картинку:
Т.к. наверняка флешки у вас будут по SPI, то обратите внимание на контакт №2 (CS). Если его подтянуть к земле, флешка будет работать с SPI, если нет — не будет откликаться.
Чтобы кучу ног не заводить, ставьте декодер: скажем, каскад двоично-десятичных 4-битных декодеров обеспечит M = 2^N (N - разрядность подводимой адресной шины) выходов.
Итого, понадобится: 3 SPI-ноги для работы с карточками + log2(M) ног для адресации.
Про кардридер я не понял: для чего он?