Если я правильно понимаю - у вас серверы Exchange размещены в основном сайте, а в филиальном - только КД с ролью GC.
1. С филиального КД убираете роль Global Catalog (т.к. там нет серверов Exchange).
2. Роль Global Catalog оставляете/включаете на КД только в основном сайте (для отказоустойчивости - на двух КД)
3. Включать hub site не обязательно, т.к. серверы Exchange только в основном сайте и, соответственно, вся инфраструктура Exchange размещена там же.
4. Можно через PowerShell попробовать приколотить для Exchange постоянный КД и постоянный GC:
Set-ExchangeServer -Identity "ExchangeServerName" -StaticDomainControllers "DCName" -StaticGlobalCatalogs "GCName"