На USB напряжение +5в идет через "Материнку" . 
Ожидаемое значение +5в, 0,5А. 
На Материнке "должны" стоять цепи защиты по току на каждый выход. 
Дальше вопрос к HDD.
Если там ток потребления большой, то как правило кабель имеет 2 USB разъема. Один сигнальный + питание, второй только  питание. так обеспечивается суммарный ТОК до 1А.
А дальше меряем тестером и смотрим где падает напряжение. Лучший вариант подключиться к разъемам расположенным непосредственно на материнке (их там несколько точно есть.).