Суть задачи в том, чтобы получить двухполярный источник питания с низким уровнем шума и приемлемой ценой. В свою очередь LDO для положительного напряжения более распространены, имеют лучше характеристики и ниже цену, чем LDO для отрицательного напряжения.
Можно ли их использовать вместо отрицательных при условии питания от изолированного выхода dc-dc преобразователя?
При этом мне не нужен большой ток, источник будет питать фильтр низкой частоты и усилитель для наушников.

Не обязательно такие, как на схеме. Например, TPS7A20 или другие.
На схеме также не отражены корректные номиналы резисторов и нету фильтров. Это просто условная схема.