Как говорил начальник махачклинского РОВД - "И тем не менее...."
Насколько я понял страхи автора. Он беспокоится нет ли у утилиты git каких-то процессов которые кешируют измененные файлы и ожидают какого-то корректного shutdown immediate.
Я думаю что все будет чики-пики хотя git-репо на линуксе у меня крашился дважды c разными ошибками за лет 5 работы. Я не разбирался просто клонировался еще раз. Лень было.
Сохраняет. Вся информация хранится в Вашей файловой системе, поэтому данные Вы не потеряете, если перезапустите компьютер в процессе разработки, не сделав commit.