А под линукс как-то особенно программировать не требуется. Наоборот можно уже писать кроссплатформенно.
У винды много своей специфики, связанной со странными особенностями файловой системы, с выкрутасами в плане использования кодировок в терминале, в файловой системе, в остальных местах... Когда начинаешь кодить на линукс и под линукс, то аж дышится легче.
Начинаешь думать, что интерфейсы можно делать не нативно, а в виде веб-интерфейсов, которые отлично смогут работать и в облаке, и прямо на роутере, и локально.
В линуксе гораздо проще и каноничнее всё с доке-контейнерами, стандартной является вся инфраструктура командной строки, свзанная с механизмами автоматизации: стандартные тулзы, make, системы управления пакетами...
Поднять на линуксе изолированную повторяемую среду получатся гораздо проще, чем в винде.
Вообще не понятно, конечно, о каком програмировании речь. Тут и системное программирование упоминалось, и GUI...
По собственному опыту скажу, что сомнения при переходе на разработку под линукс в основном надуманные и ненужные. Переход происходит естественно и непринужденно.
Особенно подкупает встроенная в систему хорошая документация и огромное количество структурированной информации в сети. Даже книг каких-то специальных читать не пришлось. Просто по обстоятельствам ищем статьи и мануалы по конкретным темам: особенности и устройство файловой системы, пайпы, потоки, процессы, система прав доступа...