Открываешь картинку
Bitmap bitmapInstance = (Bitmap)Image.FromFile("C:/.../img.png");
В параллельным цикле парсишь каждый пиксель в потоке
byte alphaValue = bitmapInstance.GetPixel(xPixel, yPixel).A;
if(alphaValue == 0) {
// Пиксель прозрачный
}
Если попался прозрачный пиксель то завершаешь все параллельные циклы для текущей картинки, добавляешь ссылку на картинку в лист изображений с прозрачностью
После завершения обработки всех картинок уже спокойно копируешь/переносишь файлы с прозрачностью и без куда надо
Либо в добавляешь счетчик прозрачных пикселей и добавляешь лист по достижению какого-то порога