Описание задачи намекает на миграцию пользователей между доменами, соответственно, на использование ADMT (с переносом прав, SID History, членства в группах, компьютеров, трансляции локальных профилей и т.д.)
Если всего этого не надо, то можно скриптом перенести, по сути - пересоздать старую структуру в новом домене (естественно, с новыми distinguishedname и objectSID):
- экспорт/импорт OU
- экспорт/импорт групп
- экспорт/импорт пользователей