Вот тебе пару вариантов:
1) Загрузка пошла со второго диска, если там есть ОС какая-то.
2) Неисправен контроллер ХДД
3) Плохой кабель САТА
4) Проблемы на порту САТА на материнке
Как на кофейной гуще гадать
Может, покрайней мере может тормозить при загрузке на моменте определения файловой системы диска(кто знает что за билиберду он может прочитать с битого сектора), или например загрузчик(mbr) на первом а сам раздел загрузки(boot) на втором диске