API Monitor - если знаете winapi - возможности программы безграничны. Можно ставить выполнение программы на паузу, менять параметры функций на лету. Также можно отследить к каким файлам конкретная программа имеет доступ, и с какими флагами, также можно программе подсунуть другой файл во время выполнения. Но на первый взгляд может показаться немного сложновата.
Ну а если нужен простой, как 2 копейки файловый монитор, тогда гуглите
windows filemon или
windows file monitor.