В режиме UEFI на флешку, отформатрованную FAT32 достаточно скопировать содержимое ISO образа, и все должно работать, так как биос будет искать в корне флешки каталог EFI итам boot...
Но вот в legacy режиме, когда нужен бут сектор, могут возникнуть нюансы. Например на старых машинах, у меня не удавалось загрузитьс я с флешек объемом больше 8Гб. Так же могут быть проблемы, если флешка подключается через картридер (например это карта памяти).
В особых случаях (когда в биосе есть пункт меню что то типа загрузиться с usb cdrom) рабочую загрузочную флешку удавалось создать простым посекторным копированием образа с помощью dd, так что пробуй.
p.s. можно загрузиться в установщик windows, загрузившись сначала в linux grub (ты говоришь проблем с linux нет), нажимаешь C чтобы войти в командный режим grub
ls (hd0,1)/
покажет содержимое диска 0 раздела 1, перебирая цифры найди раздел флешки, где развернут установщик windows
set root=(hd0,1)
chainloader +1
boot
p.p.s. можно первый этап установки, до первой перезагрузки, провести в виртуальной машине, подключив физический диск как диск виртуалки, это 100% работало всегда и позволяет вообще не делать загрузочный диск windows, т.е. хватит iso образа
