1. WoeUSB. Плохой способ: долго и не очень качественно.
   
2. DD. Старое доброе dd из-под терминала не подводит, наверно, никогда: sudo dd if=путь к iso-образу шиндовса of=флешка(например, /dev/sdc) status=progress
   При этом флешку можно посмотреть в sudo fdisk -l или GParted, а сам образ шиндовса просто drag'n'dropнуть в терминал, чтобы не париться с путем до образа.
   

Я знаю, что прошло больше 3 лет, но на случай, если кто-то на это наткнется. Есть библиотека для C++ под названием SDL2. Чуть сложнее в использовании, но проект можно собрать под Андроид без гемороя. Вот, что сам нашел. не уверен в качественности статьи, но такое есть, как минимум:
https://habr.com/ru/post/484526/
Корона СДК, Дефолд и т.п. не советую, т.к. под пингвином не особо работает и писать придется на Луа. Под Дефолд есть, вроде, костыли для плюсов, но это уже такая себе история.