Известно, что в управляемых формах использовать модальные окна не желательно.
Точнее "запрещено" после того как Google Chrome запретил модальные окна. В тонком клиенте сделали для единообразия.
Т.е. нужно каким-то образом остановить выполнение функции, открыть форму, выбрать в ней значение, закрыть ее и продолжить выполнение функции. Т.е. аналог модального окна.
Тут два варианта:
1. Процедуру/функцию, где вызывается другая функция с открытием формы разбить на две части. Первая часть будет завершаться вызовом функции с передачей описания оповещения, которое ссылается на вторую часть. Во второй части проверить, что пользователь сделал выбор и обработать результат.
2. Переписать на асинхронные вызовы, если ваша платформа версии 8.3.18 или новее. Вам нужно для вашей верхней процедуры/функции и вложенной функции с открытием формы указать ключевое слово "Асинх". Вызов вложенной функции и открытие формы делать через ключевое слово "Ждать". В результате получите поведение подобное обычным формам из УПП.
Примеры с теорией на оба варианта можете подсмотреть тут:
https://infostart.ru/1c/articles/1595214/