Не обязательно использовать шпионские закладки от Яндекса.
Есть масса отличных приложений вроде SpeedDial.
Насчет самого профиля - попробуйте посмотреть в директории %APPDATA%\Mozilla\Firefox\Profiles\ https://support.mozilla.org/ru/kb/profili-gde-fire...
Чтобы убрать расширение, нужно перенести на CMS, иначе это действие не имеет смысла.
Яндекс отреагирует негативно в том случае, если не прописаны редиректы.
Если не хотите копаться в оптимизации, то рекомендую обновиться до PHP 7.0.
Для теста сделать это можно сперва на клоне сервера.
nginx и MariaDB тоже старые (правда новая версия не даст прироста скорости).
