Чтобы убрать расширение, нужно перенести на CMS, иначе это действие не имеет смысла.
Яндекс отреагирует негативно в том случае, если не прописаны редиректы.
Если не хотите копаться в оптимизации, то рекомендую обновиться до PHP 7.0.
Для теста сделать это можно сперва на клоне сервера.
nginx и MariaDB тоже старые (правда новая версия не даст прироста скорости).