Удаление и замена на MariaDB. Базы данных при этом сохраняются.
sudo apt-get remove --purge mysql-server mysql-client mysql-common
sudo apt-get autoremove
sudo apt-get autoclean
sudo apt-get install mariadb-server
Но в вашем случае (когда мало понимания что происходит) рекомендую восстановить из бекапа весь VDS. Если прошло не слишком много времени, то хостер поможет вам это сделать.