https://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms173212.aspx
Нормальное поведение, что пространства имен из разных сборок объединяются в одно, по ссылке выше, это для того, если у вас есть совпадающие имена в одном пространстве, но разных сборках. Все равно подключаются обе, без system.dll очень тяжело чего то написать. Просто в mscorlib.dll нет управляемого кода, это фактически и есть CLR, в system просто вынесли более высокоуровневые вещи.