xmoonlight

Модульная сетка - это разметка (места на странице) для блоков контента.
HTML-блоками можно легко манипулировать, если использовать для этого правильные инструменты: Какие CMS движки для создания landing pages вы используете или знаете?

ssh: ssh-туннель + port-knocking - это стандарт удалённого администрирования.

Чтобы получить ответ, нужно грамотно задать вопрос: Вы это сделали!

Каким образом лучше хранить эти несколько версий баз товаров?

В нескольких базах!

Я бы не стал делать города 3 уровнем домена NEW.ru
Лучше сделать подпапкой и со старого домена - сделать 301 редиректы.

Далее - по субъектам (округам, областям и т.д.): здесь список

Вологодская область 35 35 19 RU-VLG

И здесь: коды по стране, округу и городу.

RU VGD Vologda Vologda ---4---- AI 0001

И объединяем: сайт/страна-область/город/,
делая 301 редирект для Вологды (для других - аналогично) на эту папку со старого (также не забыв указать новый URL в карте сайта: sitemap.xml, если URL был изменён):

new.ru/ru-vlg/vologda/

Не путать регионы/штаты страны с кодами языков !

Также, рекомендую еще почитать про геотаргетинг в справке гугла (на русском): здесь
Вот, что важно для таргетинга по городам:

Другие сигналы. Также целевую аудиторию вашего сайта позволяют определить указанные на странице местные адреса и номера телефонов, использование определенного языка и валюты, ссылки с других сайтов или данные сервиса Google Мой бизнес (если вы с ним работаете).

Google не использует для геотаргетинга ни метатеги расположения (например, geo.position или distribution), ни атрибуты HTML.

https://csshat.com/

Какие CMS движки для создания

Оборот в корне неверен!
CMS - система УПРАВЛЕНИЯ контентом, а не СОЗДАНИЯ!
Чтобы СОЗДАТЬ: достаточно использовать HTML, CSS, JS.

Для простой загрузки отдельных блоков (или сборки страницы из блоков): используйте библиотеку includeHTML
Важно: только в includeHTML имеется поддержка "прозрачной" рекурсивной загрузки целых иерархий блоков (когда блок с тегом подгружает один или несколько других, и т.д. по цепочке), синхронная и асинхронная работа, и т.д.

PS: Про "движок-конструктор": отсюда скачайте и доработайте (у меня пока не очень много времени его допилить...)
Пример результата: здесь

Что-то в фоне работает: какой-то процесс выполняет ПК, кроме игры.

Зависит от бизнес-процесса.
Иными словами: на сколько сайт вместе с его функционалом - сложный?
2 недели - это минимум на поиск "bottle-neck" мест, составление и расчёт трудозатрат на работы по оптимизации
Это НЕ работа, а только анализ текущего состояния и подготовка план-проекта на рефакторинг кода.

1. Запрет по рефереру:

RewriteCond %{HTTP_REFERER} ^domain.com [NC]
RewriteRule .* index.php [F]

или несколько:

RewriteCond %{HTTP_REFERER} ^domain.com [NC, OR]
RewriteCond %{HTTP_REFERER} ^domain2.com [NC, OR]
RewriteCond %{HTTP_REFERER} ^domain3.com [NC]
RewriteRule .* index.php [F]

2. Блокировка ресурсов от HOT-link'a: здесь

Есть файлы

Нужно просто из них создать базу и проиндексировать все необходимые поля.
Раз уж заговорили про собственную базу: бинарный кортеж и затем, бинарное неполносвязное "дерево" из них.
Это позволит искать начиная с любых входных данных сразу весь список объектов.

квантовая

src меняйте на текущих отображаемых и нескольких крайних (невидимых) объектах и все, чтобы при скролле анимации - корректно всё отображалось.
Например: 1[2]3456
2 - видимый, а 1 и 3 - соседние невидимые - вот их мы грузим, а остальные - нет.
При прокрутке в нужную сторону - грузим остальные: заменяем текущую линейку или добавляем в конец.

Впитал в себя документацию php.net, попрактиковался, что делать дальше не знаю.

Вы так или иначе, на каком-то уровне изучили ИНСТРУМЕНТ КОДИРОВАНИЯ ЛОГИКИ: PHP.
Теперь, изучайте ПРОГРАММИРОВАНИЕ и проверяйте на изученном инструменте!

Посмотрите на includeHTML

Открою тайну: через .htaccess можно прописывать октеты и подсети!
Вы можете прописать (точка в конце - ОБЯЗАТЕЛЬНА!): xxx.xxx.xxx.
или xxx.xxx.xxx.0/24 и т.д.
И таким образом разрешить доступ только для своей подсети.

И вопрос: откуда "предприимчивые граждане" знают ссылку к Вашей админке?)

Таймеры и слушатели (подписка на события) - основные лангольеры.

Для анимации - используем CSS
Обработчики событий (стараемся использовать реже) - JS
Для сложных/периодических вычислений: Asm.js

Ответ на "чтобы не лагало при...": используем ИЕРАРХИЧЕСКИЙ контроль слушателей событий и включаем/отключаем изоляцию целых "ветвей дерева" событий в различных ситуациях: ввод в поле, нахождение во вьюпорте и т.д.

muliti_curl()+regex вот и готов нужный парсер! )