Какие есть средства для создания первоначальной структуры проекта из командной строки по заданному шаблону?
Первое что приходит на ум это банально клонить с гита, но тот же package.json (да и много что еще) потом приходится поправлять.
Возможно как то автоматизировать и это?
Смотря что конкретно понимается под "проектом"... если это, скажем так, нечто, подлежашее сборке, то есть такая штука, как maven с его архетипами, или тот же gradle с плагинами/template-ами. Если нодовские проекты, то есть, например, yeoman.io . Но если нужно просто создать некую структуру папок, то это может быть из пушки по воробьям ;) Укажите точнее, о каких проектах речь, нужно ли учитывать какие-то зависимости и т.д., иначе просто трудно посоветовать что-то определенное.
Скопировать папку, содержащую нужный шаблон из своих заготовок шаблонов и задать/отредактировать нужные переменные внутри этого шаблона: обычно это js-массив или json-файл.