Постарайтесь продумать доменную модель вашего приложения и после этого уже создавайте БД, которая данные из этой модели будет сохранять.
У вас тут сейчас довольно непонятно. Есть какие-то пользователи один и два. Их сообщения друг-другу, почему-то храняться отдельно. Если они пишут друг-другу, почему бы не хранить их вместе в одной какой-то дирректории?
Еще у меня такой вопрос: почему файрбейс? Почему не какая-нибудь бд, которую локально можно развернуть?